A Activision mostra acontecimentos do primeiro game em ordem cronológica no novo trailer de Prototype 2. O vídeo também explica o zoneamento (verde, amarelo e vermelho) da cidade, já que Alex Mercer, protagonista de Prototype destruiu boa parte de Nova York.

Na trama, o Sargento James Heller volta da guerra apenas para encontrar Nova York devastada por um vírus mutante - e sua família morta. Ele sai então matando mutantes, até que se depara com Alex Mercer. Infectado, Heller ganha os mesmos poderes de Alex - e vai usá-los para se vingar.

O game sai pela Activision em 2012 para PC, PS3, e Xbox 360